Cuando se cambia de motor de un modelo a otro, hay muchos factores que intervienen.
El fabricante hace cambios ciclomaticos; en este caso, cada 5 anios; y los dos motores que mencionas pertenecen a generaciones diferentes y bien definidas. [1992 y 1997]
Ello quiere decir que las conecciones y demas relacionado al sistema de control del motor son diferentes; aun en el caso que solo pretendas cambiar el blocke del motor.
Antes de ir por el cambio te sugiero revises minuciosamente ; el motor igualandolo con el otro [conecciones, manifols, soportes, etc.] antes de entrarle a la bronca.
Saludos