Creo entender,que sincronizas el eslabon de la cadena,con las marcas de los engranes,y despues de darle vueltas ya no coinciden los eslabones marcados con el punto de los engranes,si entendi bien,es totalmente normal.
Prueba,marcando el punto de los engranes en una parte no movible del motor,con corrector,los puntos de los engranes, no de los eslabones y veras que aunque los eslabones no coincidan,mecanicamente no se movio el tiempo.
Por ejemplo en el motor 4.6 de ford,despues de poner las marcas en su posicion,ocupas girarlo no recuerdo exactamente pero creo que son 104 vueltas,para que vuelvan a coincidir las marcas,y el motor mecanicamente sigue estando a tiempo.
Otra manera, es contar los eslabones de la cadena y despues de giralo cuentalos y veras que son los mismos aunque no coincidan las marcas.